在探討食物森林的層次上，原本有談到 7 個層，但是隨著樸門永續設計的科學與探討多起來之後，但是事實上，應該有會有到 9 個層次。
在探討食物森林的層次上，原本提出可食森林園藝的 Robert Hart 的模型裡有 7 個層，但是隨著樸門永續設計的科學與探討多起來之後，John Kitsteiner 認為在7 個層次之外，要再加上了兩個層次：水生濕地層（aquatic/wetland layer）與微生物真菌層（mycelial/fungal layer）(Nine Layers of the Edible Forest Garden (Food Forest))。以下是九個層次的列表。
- 頂層/大型喬木（canopy/tall tree layer）
- 次層/大型灌木/小型喬木（sub-canopy/large shrub layer）
- 灌木層（shrub layer）
- 草本層（herbaceous layer）
- 地被層（ground cover/creeper layer）
- 地下層（underground layer）
- 垂直攀爬層（vertical/climber layer）
- 水生濕地層（aquatic/wetland layer）
- 微生物真菌層（mycelial/fungal layer）
您可以針對不同層次，探討在當地，可以找到相對的植物加以種植。以下是這幾個層次的說明（Robert Hart & John Kitsteiner）
- 頂層/大型喬木（canopy/tall tree layer）
- 一般超過 9 公尺（30 英呎）高。這是大型的食物森林才有，這一類的樹木主要有作為原料用的原木樹種（timber）、大型堅果以及固氮的樹。也有很多大型的果樹也屬於這一類。
- 次層/大型灌木/小型喬木（sub-canopy/large shrub layer）
- 大約 3～9 公尺（10~30 英呎）高。大部分的可食森林當中或者在有限的空間裡，這一類的植物都是用來作為頂層。大部分的果樹都在這一層。
- 灌木層（shrub layer）
- 大約是 3 公尺（10 英呎）高。主要灌木型的水果都在這一層，包過許多核果、開花植物、藥用植物，以及其他有益的植物。
- 草本層（herbaceous layer）
- 這一層的植物每年冬天幾乎都會死去，如果天氣夠冷的話。她們不會像灌木一樣，長出木本的莖來，許多烹飪用的、藥用的草藥都屬於這一層，大部分的蔬菜都是在這一層。
- 地被層（ground cover/creeper layer）
- 地被層與草本層有許多重疊的地方，不過，這一層的植物通常都很耐陰，生長的離地面很近，生長很密，覆蓋著土壤，而且通常很耐踩踏。
- 地下層（underground layer）
- 這層是指食用根部的作物。有非常多根部可以食用的植物，我們很少聽過。這一類的植物，許多可以用來作為草本層，垂直攀爬層或者地被層。
- 垂直攀爬層（vertical/climber layer）
- 攀籐植物連結著不同層次，端賴她們長在那裡，爬在誰的身上。在一個有限的狹小空間，種植攀爬作物是一個可以增加產力的好辦法。不過也不能太過頭，要爬到20公尺高的胡桃樹上摘葡萄可不是鬧著玩的。
- 水生濕地層（aquatic/wetland layer）
- （這是 John Kitsteiner 新增的第一層）
- 許多的森林都有小溪、湖泊或水塘在在當中，許多的植物在這些溼地上或者水邊生長茂盛，也有許多植物只生長在水裡。這樣的地方有許多重要的植物，可以作為食物、生產纖維、藥用、動物飼料、野生動物的食物與棲地，也可以產出堆肥、生物質，更重要的還有可以涵養水份，並作為生態濾水器。我們應該要更有意圖把水的特性整合到可食森林的設計裡面來。
- 微生物真菌層（mycelial/fungal layer）
- （這是 John Kitsteiner 新增的第二層）
- 真菌網絡只有存在健康的土壤裡。她們住在裡面，也許更裡面，在食物森林植物的根部裡面。真菌網絡視植物的需要，把養分與水份從一個區域傳送到另一個區域。這是一個我們才剛剛開始理解的神奇系統。當越來越多的研究發現菌絲對森林運作有很大的重要性的同時，我們很驚訝，竟然沒有把微生物放到層次清單裡面。這一層最重要的工作是維護與發展森林，不同時節，它提供香菇、蕈類，我們可以吃也可以做藥材。如果我們更積極，我們可以耕耘這一層來獲得更多的收成。